外部参照をするとき、参照する図面を相対パスで指定できますか？

はい。できます。
外部参照は、メニュー[挿入]-[外参照]から、実行します。
参照する図面を選択した後、[外部参照をアタッチ]ダイアログ内でパスの右側にあるコンボリストより[相対パス]を選択してください。