ダクトに回路区分を割り付けたら、そのダクトは割りつけた回路区分を設定した配線しか通れない？

はい、割り付けられた回路区分以外の配線は使用できなくなります。
なお、1つのダクトに対し複数の回路区分を割り付ける事も出来ますので、特定の回路区分の配線だけを通過出来なくすることも可能です。